Em Portugal, tem a sua sede na Quinta da Fonte, em Paço de Arcos, no concelho de Oeiras e conta com cerca de 170 colaboradores. Com uma equipa de excelência, sólida, especializada e elevado nível de competência para desenvolver a sua atividade.

Atualmente, a Menarini foca-se sobretudo nas áreas de Cardiologia, Respiratória, Disfunções Sexuais e Dor, bem como, mais recentemente na área dos Produtos de Saúde e outros medicamentos não sujeitos a receita médica.

A sua origem em Portugal iniciou-se como Laboratório Sanitas, que foi propriedade da firma Cortês Pinto & Pimentel, Lda, fundado em 1911 numa parceria entre o médico Francisco Cortês Pinto e o farmacêutico Horácio Pimentel. 

Em 1917 destacava-se já entre as principais firmas exportadoras de especialidades farmacêuticas, como comprimidos e ampolas. Nesse mesmo ano foi criada uma outra sociedade onde participavam os proprietários do Sanitas, a Neto, Natividade & C.ª, dedicada ao comércio de produtos farmacêuticos. Em 1923 foi instalada na Travessa do Carmo, em Lisboa, uma secção de material cirúrgico. 

A firma proprietária do Sanitas passou a pertencer à secção de indústrias químicas da Associação Industrial Portuguesa (AIP) entre 1918-1920, passando pouco depois a desempenhar um papel de relevo na vida associativa industrial. O Dr. Francisco Cortês Pinto desempenhou vários cargos importantes na direção da AIP desde o triénio de 1924-1926. No dia 31 de Maio de 1930, foram inauguradas novas e amplas instalações laboratoriais, em Lisboa, necessárias pelo aumento crescente das exportações para as colónias, Brasil, Índia Inglesa, Congo Belga e Congo Francês.

Em 1991, após a entrada das grandes multinacionais da área farmacêutica no mercado nacional, o Laboratório Sanitas foi adquirido pelo Grupo Menarini. A direcção da empresa esteve a cargo do Dr. Manuel Poiarez até 2002, tendo o cargo sido assumido pelo Dr. Paolo Tagliaferri até à admissão do Dr. Miguel Rovisco de Andrade em Setembro de 2003, o qual ainda se mantém em funções.